Le origini sembrano ricondursi ad un'antica pieve detta di "Olubra" (forse il nome antico dell'attuale torrente Lora) e di un fortilizio chiamato "Castellus Milonus", testimonianze che precedono l'edificazione da parte del Signore di Piacenza Alberto Scoto nel 1290 di un nuovo e più munito castello, in funzione difensiva di avamposto verso il pavese. Le mura del castello correvano dove attualmente ci sono i viali alberati ed attraversavano la piazza. Il Castrum aveva due porte di ingresso con torre e ponti levatoi: la Porta piacentina all'inizio dell'attuale Corso Matteotti; quella pavese posta all'incrocio tra l'attuale Corso e via Marconi. In alcuni documenti il nome castrum viene appellato "triturrito" dalle tre torri allora esistenti: le due torri delle porte e dal torrione o maschio che divenne poi, probabilmente, la torre campanaria della collegiata.

Dopo aver servito per secoli in difesa del paese, le mura del "castrum" -lunghe ben 1.345 metri -, furono demolite nel 1822. Ci vollero sei anni per demolire completamente le mura e di ciò che restava dell'antico castello. Sulle fondazioni delle mura vennero costruiti viali larghi cinque metri.
Durante tutto il medioevo la Strada Romea - che passava anche a Castel San Giovanni proveniente da Alessandria e Tortona, fu percorsa da un gran numero di pellegrini che si recavano a Roma o in Terrasanta in visita ai luoghi sacri della cristianità. Lungo il suo percorso sorsero anche qui degli ospedali, che non erano veri luoghi di cura ma "domus ospitalis", cioè case dove venivano ospitati temporaneamente i pellegrini ed i viandanti in transito. Gli ospedali maggiori di Castel San Giovanni erano tenuti da religiosi: Ospedale pievano di san Pietro e poi San Giovanni, ospedale di San Giacomo, ospedale di Santa Maria di Costola di Creta.

Oggetto poi di diversi domini e teatro di numerose battaglie nel corso della storia, Castel San Giovanni fu protagonista tra l'altro della resistenza italiana agli austriaci nel 1848. Ha dato i natali al Cardinale Agostino Casaroli (1914-1998), Segretario di Stato Vaticano sotto il pontificato di Sua Santità Giovani Paolo II° che, proprio in omaggio al card. Casaroli, compì una indimenticabile visita alla città il giorno 5 giugno 1988.

Monumenti di notevole valore storico e artistico ornano la città: la Chiesa Collegiata di San Giovanni Battista del XII secolo, nominata monumento nazionale per la serie di preziosissime opere d'arte che conserva al suo interno e Villa Braghieri-Albesani del XVIII secolo, già casa di campagna dei Marchesi Scotti di Castel Bosco e attualmente sede della biblioteca comunale, dell'archivio storico e del Museo Etnografico della Val Tidone.

Castel San Giovanni è definita la "Porta della Val Tidone" per la sua posizione strategica all'inizio della valle omonima, turisticamente assai interessante per la nutrita serie di rocche e castelli che la costellano. La città aderisce inoltre all' Associazione nazionale delle "Città del vino", trovandosi in una zona particolarmente ricca di insediamenti vitivinicoli. Due grandi mercati settimanali nei giorni di giovedì e domenica fanno affluire nella città un gran numero di visitatori e compratori, provenienti in particolare dal vicino Oltrepò e dalla provincia di Milano.

Per ulteriori informazioni storiche sulla città, si veda: Fiorello Bottarelli, Castel San Giovanni Città: storia, cultura, economia. Piacenza, Tep edizioni, 1999. Il volume è disponibile presso la biblioteca comunale di Villa Braghieri.